[00917532]广西鸡传染性支气管炎病毒全基因组的序列测定与生物信息学分析

课题来源与背景：鸡传染性支气管炎（IB)是由鸡传染性支气管炎病毒（IBV)引起的严重危害中国养禽业的重要疫病，广西是该病重灾区。IBV容易发生突变和重组，IBV变异机制尚未完全清楚。测定全基因序列是了解病毒的分子生物学特性、遗传变异机制和生物学背景的有效方法。不同国家或地区流行毒株在基因组上存在很大差异。国还未见到广西IBV分离株全基因组序列分析的报道。研究目的与意义：研究目的旨在对两株广西代表性IBV分离株GX-YL5和GX-YL9进行全基因组序列分析，意义是为广西IBV流行株提供全面的信息，为进一步从分子水平研究IBV的致病机理和变异机制等奠定基础，丰富冠状病毒的生物信息数据库；为开展IBV反向遗传技术研究IBV分子生物学特性提供了依据；为新型疫苗和治疗性药物的研制与开发奠定基础。主要论点与论据：该研究主要获得如下成果。获得了广西代表分离株GX-YL5和GX-YL9全基因组序列并上传至Genebank，两分离株均符合冠状病毒IBV的基因组结构特征。生物信息学分析结果表明GX-YL5和GX-YL9存在明显的碱基插入和缺失现象；全基因组核苷酸序列均与CQ04-1株相似度最高（94.7%），与Georgia 1998 pass8株相似度最低（84.3%）；GX-YL5和GX-YL9的结构蛋白基因系统发育树与全基因序列水平不一致；GX-YL5和GX-YL9结构蛋白区段（S-3′UTR）具有较多重组区域；分离株GX-YL5基因组前导序列的茎环结构Ⅰ具有较多核苷酸突变位点；同源模建表明分离株YL-5核衣壳蛋白的氨基酸序列（aa409）的第22-160位和第224-333位分别得到了预测的空间结构（模板为PDB：2gecD，序列相似度为90%和模板为PDB：2gecB，序列相似度为94.25%），与使用核磁共振技术在SARS-CoV的N蛋白上分析的结果相一致。创见与创新：该研究首次获得广西IBV全基因组序列，预测得到的分离株GX-YL5和GX-YL9可能的重组区域和位点以及预测得到的YL-5N蛋白的立体结构有助于进一步分析IBV广西分离株的致病机理和进化特征。该项目有重要科学价值和应用前景。项目达到国内先进、广西领先水平。社会经济效益：通过该项目的执行，了解广西IBV的分子流行病学情况，提出鸡传染性支气管炎的综合防控措施，尤其针对广西选择使用有效的疫苗毒株、种类，为有效控制IB提供技术支持，大大促进该区养禽业发展，增加农民收入。